由于恒河省缅族人口众多，因此大军还未进入底马撒府便被出卖行踪。
知道官军厉害的莽泰因随即带领大军向底马撒府东北进军，企图通过河谷山脉进入云南。
由于此次李定国率领南下的上直兵马是四骑卫，因此他在抵达底马撒城，得知莽泰因逃窜进入山林的时候没有追击，而是选择在恒河平叛。
同时，他向西军都督府下令，命麓川总兵木懿、云南总兵马万年、乌斯藏总兵张春桥三路出兵，从孟拱、里麻、山南三地出兵，围剿进入山林的莽泰因。
三位总兵得令后，于是各率三营兵马参与围剿，同时李定国则是自己率领上直四骑卫与西军两万骑兵四处救火。
看到奏疏后，监国太子朱慈燃朱批，蠲免瀛洲农业税两年，同时让张同敞统计瀛洲《黄册》。
这边瀛洲的暴乱是平定了，但南边的麓川缅族叛乱却才刚刚进入高潮。
去岁冬月，叛军头领莽泰因占据麓川蒙山县，冬月下旬攻破永安城，分封麾下将领为将军，恢复东吁王朝时期的官制、礼制、军制，推行自创的历法“王天历”。
如此行为引得麓川南军四营出兵镇压，叛军虽然有五万之众，但却无法抵挡失败，莽泰因带领数千残军自永安突围，北上木邦府。
腊月初二，莽泰因汇合两股叛军，兵马恢复五万，因此心中膨胀，意图进攻木邦府府治木邦。
外廷的诸多大臣来不及跑出殿外，纷纷躲在桌下避难。
整座北京城的宫殿和全城房屋都在震颤之中，城内房屋倒塌者不计其数，就连坚实的城墙也有百处左右塌陷。
与此同时，狂风骤起，横扫全城，灰尘遮天蔽日，百姓们惊恐万状，争相逃到街上。
好不容易地震过去，结果同一天内又接连发生三次地震。
此后三日内，每天都有余震发生，众多百姓无家可归，露宿街头。
正月十七，参将赵良栋于三方原击毙中山县叛军两万余众，所俘三万叛军尽数击毙。
正月二十二，参将白光勇收复石见矿区，击毙叛军三万余人。
二月初四……
二月十二……
在朱由校的信任，张同敞的筹措，王辅臣和明军的征战下，瀛洲叛军人人自危，暴乱遂败。
至此，这一南一北的两场大叛乱彻底结束，史称“瀛洲倭乱”、“麓川暴动”。
八月初五，当朱和垠得知叛乱消息匆匆忙忙赶回大明，并抵达麓川西海港的时候，他深入麓川腹地，记录下了自己所看到的一景一物。
在他的日记中，相比较他出发时路过麓
，因此罪不在王辅臣和张同敞。
眼下与其追责，倒不如尽快平定叛乱。
从大明筹措银子，时间上肯定来不及，倒不如让张同敞自行筹措比较快。
如朱由校预料的一样，当张同敞和王辅臣接到圣旨后，原本急切的心也安定了下来。
张同敞向瀛洲汉民发行“平叛国债”五十万两，为求自保的汉民们踊跃购买，给瀛洲平叛凑足了军饷。
在他的救火下，恒河与麓川的局势得到控制，捷报一封又一封的送往京城。
二月，恒河境内叛军一空。
四月，麓川境内叛军一空。
四月初九，经过三个多月的长途跋涉，当莽泰因率领一万六千多残部从原始森林之中走出，他所面对的是以逸待劳的三万明军。
战斗至清晨打响，午时彻底结束，一万六千余名叛军被尽数击毙，莽泰因受伤被俘，四月三十日被押到北京菜市口凌迟处死。
交战一日后不克，又听闻官军已然北上围剿，因此莽泰因选择继续带兵向西北进发。
腊月二十七，莽泰因在恒河西军十营忙于围剿恒河缅族叛乱而后方空虚的同时，率军经大山进入恒河省，攻克底马撒府西山县。
尽管西山县中百姓大多同样是从麓川迁移而来的缅族，但莽泰因却并未因为对方是同族心软，反而是痛下杀手，纵容兵马劫掠。
在短暂的劫掠后，莽泰因闻底马撒城兵力空虚，因此率大军进攻底马撒城。
正月十二，在莽泰因围攻底马撒城的时候，奉命平叛的李定国率上直四卫乘坐火车抵达恒河省中部的孟加拉府。
朱由校和皇后张嫣、妃嫔，以及宫中的太监、宫女、朝中的要臣显贵等都撤离屋外，在帐蓬中住宿。
值得庆幸的是，地震发生时，太子朱慈燃前往了京城南部的南苑练习马术，直到地震彻底停止才返回了京城。
灾后，经户部统计，京城及周边死难者三千四百六十七人，地震造成的损失不下五十万两。
不过，此事过后，大明南北局势也开始好转。
三月二十，张同敞、王辅臣联合上疏，城暴乱已平，但瀛洲人口锐减，农田荒废甚多，乞请蠲免瀛洲农业税一年。
然而不等朱由校高兴，三月初二的清晨，当他还在规划天阁应该怎么建造的时候，他突然发现自己所建造的天阁模型开始剧烈震动。
不等左右太监宫女反应过来，朱由校便以迅雷不及掩耳之势丢下手中工具，跑出了乾清宫。
他的速度之快，连四周的内侍们都未能来得及跟上，等他们反应过来想要跟上的时候，却不想刚刚跑出门口，便有木槛、鸳瓦自空中坠下，几个内侍脑顶被砸裂，一命呜呼。
朱由校倒是脚步飞快，浑然不像六十岁的人，独自一人一口气直接跑到了乾清宫的广场上。
同时，四周皆震，乾清宫大殿仅在片刻间便严重损坏，四周一派狼藉。
在军饷凑足的同时，张同敞一边把军饷运抵前线，一边派人接收王辅臣带领军队平叛后缴获所得。
这样一来，王辅臣不用分兵来清点缴获，而是可以直接在战后拿现银按功犒赏。
至于张同敞也靠着后续清点的缴获，一边偿还“平叛国债”，一边支持王辅臣平叛。
在精兵粮足的后勤准备下，明军势如破竹，尽管只有一万五千人，但他们连战连捷。
四十五年正月初五，王辅臣于桶间峡围歼叛军六万，尽坑之。